Überblick
Die Ursprünge
1. – 4. Jh.: Römische vorstädtische Besiedlung auf dem „Pantaleonshügel“ Anlage einer villa suburbana außerhalb der römischen Stadtmauer
4. – 6. Jh.: Römische Ruinen. Verfall der Anlage nach dem Frankeneinfall von 355/56
6. – 7. Jh.: Merowingische Grabstätte (Gräber fränkischer Adliger mit Grabbeigaben)
um 800: Merowingischer Saalbau (evtl. eine erste Grabkirche)
Frühmittelalter
866: In einem Güterverzeichnis, der „Guntharschen Güterumschreibung“, wird eine vom Dom abhängige, dem hl. Pantaleon geweihte Kirche mit Armenhospital erwähnt.
964:Gründung einer Benediktinerabtei an St. Pantaleon durch Erzbischof Bruno I. von Köln (953–965)
965: Erzbischof Bruno wird in St. Pantaleon beigesetzt.
966–980: Neubau der Kirche als einschiffiger Saalbau mit Flachdecke nach dem Einsturz des Vorgängerbaus. Chorweihe durch Erzbischof Warin 980. Bau der Klosteranlage
984‑1000: Erweiterung der Kirche durch Kaiserin Theophanu: Verlängerung des Langhauses nach Westen, Erweiterung der Krypta und des Westwerks
991: Kaiserin Theophanu wird in St. Pantaleon beigesetzt.
1002: Kaiser Otto III. wird vor seiner Beisetzung in Aachen in St. Pantaleon aufgebahrt.
Hoch- und Spätmittelalter
1065–1075: Erzbischof Anno II. von Köln (1056–75) setzt im Kloster St. Pantaleon die Siegburger Reform durch.
1150–1160: Anbau der kreuzgratgewölbten Seitenschiffe an das Langhaus.
ab 1180: Bau der mittelalterlichen Stadtbefestigung. Kloster und Kirche St. Pantaleon werden in den städtischen Mauerring einbezogen.
ca. 1210: Neugestaltung des Südannexes mit Kreuzrippengewölbe Anbau der Katharinenkapelle samt Krypta an der Südseite und einer Sakristei an der Nordseite des Chores
ca. 1220: Erneuerung des südlichen Kreuzgangflügels und Erweiterung um ein Obergeschoss als Schatzkammer (der sog. „Kapitelsaal“) zur Aufnahme von Wertgegenständen und Reliquien
um 1230: Ausbau der Scheitelnische der Krypta. Wandmalereien (Reste erhalten) mit Szenen aus dem Leben Marias
1502/03: Stiftung des spätgotischen Hallenlettners durch Abt Johannes Lünninck.
Barock bis Säkularisation
1620–26: Frühbarocke Neugestaltung der Kirche nach Plänen von Christoph Wamser. Einbau eines neuen, dem hl. Maurinus geweihten Hochaltars
1652: Aufstellung der Orgel (später über dem Lettner)
1695/96:Versetzung des Lettners vor das Westwerk und Nutzung als Orgeltribühne
1747–49: Barocke Innenausstattung. Neuer, dem hl. Pantaleon geweihter Hochaltar
1766–68: Barocke Erneuerung des Westwerks. Der Mittelturm wird mit einer barocken Haube versehen. Die Seitentürme werden bis auf Stümpfe abgebrochen.
1794–98: Die Kirche wird von den französischen Besatzungstruppen als Lazarett und Pferdestall genutzt.
1802-04:Aufhebung des Klosters. St. Pantaleon wird katholische Pfarrkirche.
Folgen der Säkularisation bis zum Zweiten Weltkrieg
ab 1819: St. Pantaleon dient als protestantische Garnisonskirche für die preußischen Truppen (Simultankirche für beide Konfessionen).
1820: Abbruch des Kreuzgangs bis auf den überkommenen Rest
1835: Errichtung eines optischen Telegraphen auf dem Mittelturm des Westwerks als Station der Telegraphenlinie Berlin – Koblenz (bis 1852)
1888–92: Abbruch des barocken Mittelturms und Wiederherstellung des romanischen Westwerks
1921: St. Pantaleon wird wieder katholische Pfarrkirche.
1925: Freilegung der Krypta
1935–39: Renovierungsarbeiten und Aufdeckung der mittelalterlichen Blendbogengliederungen der Mittelschiffwände.
Krieg und Wiederaufbau
1942–45: Kriegsschäden: Teilweise Zerstörung des Gewölbes im Mittelschiff; Verlust der Katharinenkapelle; Zerstörung der östlichen Apside des Südannexes; Einsturz des Gewölbes und der Giebelwand des Nordannexes
ab 1946: Notkirche in der Südkapelle des Westwerks, ab 1947 im Südschiff
bis 1962: Wiederaufbaumaßnahmen: Kassettendecke über Mittelschiff und Hochchor anstelle des Gewölbes; Rückversetzung des Lettners vor den Chor und Aufstellung der Orgel auf der Lettnerbühne; Neugestaltung der Ostwand des Südannexes und Wiederherstellung des Nordannexes mit einem Satteldach; Freilegung der Krypta; Ausmalung der Decke im Mittelturm des Westwerks als „Himmlisches Jerusalem“
1964:Weihe des von Elmar Hillebrand geschaffenen neuen Kreuzaltars durch Kardinal Frings
Neuere Ausgestaltung
1993: Ausmalung der Kassettendecke im Mittelschiff und im Hochchor (Wurzel Jesse) von Dieter Hartmann
1997: Einrichtung eines Lapidariums auf der Westempore
2000: Aufstellung der beiden mittelalterlichen Reliquienschreine zu Seiten des Lettneraltares
2006: Der Kölner Erzbischof, Kardinal Joachim Meisner, weiht den Josefmaria-Escriva-Altar in der neu errichteten Josefmaria-Kapelle im Nordannex. Seine Heiligkeit, Papst Benedikt XVI., besuchte die noch nicht fertige Kapelle im Sommer des Jahres 2005 anlässlich des Weltjugendtages in Köln.
2009-10: Einrichtung des Umgangs hinter dem Hochchor zur Aufnahme des Kirchenschatzes
2013: Einweihung und Einsegnung der neuen Taufkapelle im Südannex